Cơ quan chức năng

• Văn phòng
• Thanh tra
• Phòng Tài chính
• Phòng Đối ngoại
• Phòng Điều tra hình sự
• Phòng Thi hành án dân sự
• Phòng Cứu hộ cứu nạn
• Bộ Tham mưu
• Cục Chính trị
• Cục Hậu cần
• Cục Kỹ thuật
• Cục Nghiệp vụ và pháp luật

Đơn vị cơ sở

• Hạm đội Cảnh sát biển.
• Các Hải đội Cảnh sát biển.
• Cụm Trinh sát số 1.
• Cụm Trinh sát số 2.
• Cụm đặc nhiệm phòng, chống tội phạm ma túy số 1.
• Cụm đặc nhiệm phòng, chống tội phạm ma túy số 2.
• Cụm đặc nhiệm phòng, chống tội phạm ma túy số 3.
• Cụm đặc nhiệm phòng, chống tội phạm ma túy số 4.
• Trung tâm thông tin Cảnh sát biển.
• Trung tâm Đào tạo và Bồi dưỡng nghiệp vụ Cảnh sát biển.[1]